Magnesit xuất hiện ở dạng mạch trong các sản phẩm thay thế của các đá siêu mafic, serpentinit và các đá mácma giàu magie khác trong các kiểu biến chất tiếp xúc và biến chất khu vực. Các magnesit này thường ở dạng vi tinh thể và chứa silica ở dạng opal hay chert.

Magnesit cũng có mặt trong regolith bên trên các đá siêu mafic ở dạng cacbonat thứ sinh trong đất và dưới mặt đất, ở đây chúng được tích tụ ở dạng các khoáng chứa magie hòa tan bởi cacbon dioxit trong nước dưới đất.